Dalam praktiknya, terendus banyak kecurangan. Campur tangan TNI dalam “Operasi Wibawa” yang digelar Kodam Cendrawasih turut menodai pelaksanaan Pepera dengan rupa-rupa tindakan pemaksaan. Frans Kaisiepo agaknya menutup mata dengan tingkah angkuh pegawai-pegawai Jawa yang didatangkan ke Papua selama dan pasca integrasi. Pepera dimenangkan pemerintah Indonesia. Pada 1969, Frans Kaisiepo menjadi delegasi Indonesia yang turut menyaksikan ratifikasi hasil Pepera di markas Perserikatan Bangsa-Bangsa di New York. Di masa jabatannya sebagai Gubernur Irian, Frans Kaisiepo berupaya mempromosikan Papua sebagai bagian dari Indonesia. Hal ini mendorong dukungan di dalam negara untuk opsi Penentuan Pendapat Rakyat untuk penyatuan, sebagai lawan dari kemerdekaan penuh, meskipun ada tentangan besar dari sebagian besar penduduk asli Papua. Pada tahun 1969, Irian diterima di Indonesia sebagai Provinsi Irian Jaya (kemudian Papua). Atas upayanya untuk mempersatukan Papua dengan Indonesia, Frans Kais
Posts
Di Papua Bestuur School inilah Frans Kaisiepo bertemu dengan Soegoro Atmoprasodjo, pengajar dan direktur asrama. Soegoro adalah seorang bekas aktivis Taman Siswa bentukan Ki Hadjar Dewantara , Partai Indonesia (Partindo) , dan Digulis. Kendati bekerja untuk pemerintah Belanda, Soegoro menggunakan posisinya untuk menumbuhkan kesadaran keindonesiaan di Papua. Terhadap anak didiknya, Soegoro memperkenalkan lagu Indonesia Raya dan meyakinkan mereka sebagai bagian dari Indonesia. Perkenalan Frans Kaisiepo dengan Soegoro menggiringnya ke politik. Dalam benaknya, masa depan Papua telah diretas. Sementara dijebloskan ke penjara Hollandia karena merancang pemberontakan yang gagal, Frans Kaisiepo mulai terjun ke dalam gerakan nasionalis Papua. Posisinya berada di persimpangan antara Indonesia dan Belanda. Frans Kaisiepo sebagai tokoh politik sejak menjadi utusan dalam Konferensi Malino. Konferensi Malino adalah sebuah konferensi yang berlangsung pada tanggal 15 Juli-25 Juli 1946 di Sulaw